This is a sample video. To access the full content, please Login
Enable to parse the files.Error in the following command: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta","fasta"): ...: print(seq_record.id)
The parse files doesn't open even if the file name is same and saved in dekstop,documents and python program files.
In the first 2 videos of biopython I didn't face any error. But in the 3rd video of parsing data the commands are not working and showing error. Could you please help me to resolve this problem? Thank you
In [2]: from Bio import SeqIOIn [3]: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta"): ...: print(seq_record.id)------------------------------------------------------------IndentationError: expected an indented block (<ipython console>, line 2)In [4]:
error in the following command: print(seq_record.id)
How to open text file in windows os? instead of text editor shall i use loadtxt command
623 visits
Outline:NCBI ডাটাবেস ওয়েবসাইট থেকে FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করা Bio.SeqIO মডিউল ফাংশন ব্যবহার করে ডাটা ফাইল পার্স করা পার্স ফাংশন (Bio.SeqIO. Parse()) ব্যবহার করে তথ্য যেমন সিকোয়েন্স id’s, ফাইলে থাকা সিকোয়েন্স এবং সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য এক্সট্র্যাক্ট করা একক রেকর্ড সহ ডেটা ফাইল থেকে বিষয়বস্তু পড়তে read ফাংশন (Bio.SeqIO.read ()) ব্যবহার করা
NCBI ডাটাবেস ওয়েবসাইট থেকে FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করা Bio.SeqIO মডিউল ফাংশন ব্যবহার করে ডাটা ফাইল পার্স করা পার্স ফাংশন (Bio.SeqIO. Parse()) ব্যবহার করে তথ্য যেমন সিকোয়েন্স id’s, ফাইলে থাকা সিকোয়েন্স এবং সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য এক্সট্র্যাক্ট করা একক রেকর্ড সহ ডেটা ফাইল থেকে বিষয়বস্তু পড়তে read ফাংশন (Bio.SeqIO.read ()) ব্যবহার করা
Show video info
Pre-requisite