Enable to parse the files.Error in the following command: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta","fasta"): ...: print(seq_record.id)
The parse files doesn't open even if the file name is same and saved in dekstop,documents and python program files.
In the first 2 videos of biopython I didn't face any error. But in the 3rd video of parsing data the commands are not working and showing error. Could you please help me to resolve this problem? Thank you
In [2]: from Bio import SeqIOIn [3]: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta"): ...: print(seq_record.id)------------------------------------------------------------IndentationError: expected an indented block (<ipython console>, line 2)In [4]:
error in the following command: print(seq_record.id)
How to open text file in windows os? instead of text editor shall i use loadtxt command
128 visits
Outline:* FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು NCBI ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು * Bio.SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡುವದು * ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ id, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದ ಇವುಗಳಂತಹ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಲು, (Bio.SeqIO. Parse()) ಎಂಬ ಪಾರ್ಸ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು * ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲು (Bio.SeqIO.read())ಎಂಬ ರೀಡ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು
* FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು NCBI ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು * Bio.SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡುವದು * ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ id, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದ ಇವುಗಳಂತಹ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಲು, (Bio.SeqIO. Parse()) ಎಂಬ ಪಾರ್ಸ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು * ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲು (Bio.SeqIO.read())ಎಂಬ ರೀಡ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು
Show video info
Pre-requisite