In [2]: from Bio import SeqIOIn [3]: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta"): ...: print(seq_record.id)------------------------------------------------------------IndentationError: expected an indented block (<ipython console>, line 2)In [4]:
In the first 2 videos of biopython I didn't face any error. But in the 3rd video of parsing data the commands are not working and showing error. Could you please help me to resolve this problem? Thank you
The parse files doesn't open even if the file name is same and saved in dekstop,documents and python program files.
Enable to parse the files.Error in the following command: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta","fasta"): ...: print(seq_record.id)
error in the following command: print(seq_record.id)
How to open text file in windows os? instead of text editor shall i use loadtxt command
157 visits
Outline:NCBI ഡാറ്റാബേസ് വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് FASTA, GenBank ഫയലുകൾ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുക. Bio.SeqIO ഘടകത്തിലെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡാറ്റാ ഫയലുകൾ പാഴ്ത്തുക. സീക്വൻസ് ഐഡി, ഫയൽ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന സീക്വൻസ് , സീക്വൻസിൻറെ നീളം തുടങ്ങിയ വിവരങ്ങൾ ശേഖരിക്കാൻ പാഴ്സ് ഫംഗ്ഷൻ (Bio.SeqIO. Parse ()ഉപയോഗിക്കുക. ഒരൊറ്റ റെക്കോർഡുമായി ഒരു ഡാറ്റ ഫയലിൽ നിന്ന് ഉള്ളടക്കം വായിക്കാൻ റീഡ് ഫംഗ്ഷൻ (Bio.SeqIO.read ()) ഉപയോഗിക്കുക.
NCBI ഡാറ്റാബേസ് വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് FASTA, GenBank ഫയലുകൾ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുക. Bio.SeqIO ഘടകത്തിലെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡാറ്റാ ഫയലുകൾ പാഴ്ത്തുക. സീക്വൻസ് ഐഡി, ഫയൽ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന സീക്വൻസ് , സീക്വൻസിൻറെ നീളം തുടങ്ങിയ വിവരങ്ങൾ ശേഖരിക്കാൻ പാഴ്സ് ഫംഗ്ഷൻ (Bio.SeqIO. Parse ()ഉപയോഗിക്കുക. ഒരൊറ്റ റെക്കോർഡുമായി ഒരു ഡാറ്റ ഫയലിൽ നിന്ന് ഉള്ളടക്കം വായിക്കാൻ റീഡ് ഫംഗ്ഷൻ (Bio.SeqIO.read ()) ഉപയോഗിക്കുക.
Show video info
Pre-requisite