Enable to parse the files.Error in the following command: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta","fasta"): ...: print(seq_record.id)
The parse files doesn't open even if the file name is same and saved in dekstop,documents and python program files.
In the first 2 videos of biopython I didn't face any error. But in the 3rd video of parsing data the commands are not working and showing error. Could you please help me to resolve this problem? Thank you
In [2]: from Bio import SeqIOIn [3]: for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta"): ...: print(seq_record.id)------------------------------------------------------------IndentationError: expected an indented block (<ipython console>, line 2)In [4]:
error in the following command: print(seq_record.id)
How to open text file in windows os? instead of text editor shall i use loadtxt command
432 visits
Outline: NCBI database வலைத்தளத்தில் இருந்து, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்வது. Bio.SeqIO moduleலில் இருக்கும் functionகளை பயன்படுத்தி, data fileகளை Parse செய்வது. Parse function(Bio.SeqIO. Parse()) ஐ பயன்படுத்தி, sequence idகள், fileலில் உள்ள sequence, மற்றும் sequenceன் நீளம் போன்ற தகவல்களை extract செய்வது. ஒற்றை recordஐ கொண்டுள்ள ஒரு data fileலில் இருந்து, contentகளை read செய்ய, read function (Bio.SeqIO. read())ஐ பயன்படுத்துவது.
NCBI database வலைத்தளத்தில் இருந்து, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்வது. Bio.SeqIO moduleலில் இருக்கும் functionகளை பயன்படுத்தி, data fileகளை Parse செய்வது. Parse function(Bio.SeqIO. Parse()) ஐ பயன்படுத்தி, sequence idகள், fileலில் உள்ள sequence, மற்றும் sequenceன் நீளம் போன்ற தகவல்களை extract செய்வது. ஒற்றை recordஐ கொண்டுள்ள ஒரு data fileலில் இருந்து, contentகளை read செய்ய, read function (Bio.SeqIO. read())ஐ பயன்படுத்துவது.
Show video info
Pre-requisite