whenever i try to fix hydrogen and minimize, hydrogen adds only in the backbone of protein structure. the oxygen molecules that present beside the protein does not get the hydrogen molecule. i tried it other pdb files, but there is same issue. is it a malfunction? give me suitable solution.
In Jmol version 14.31.2, hydrogen is not getting added after clicking on “add hydrogen” option from the model kit menu. How to add the hydrogen atoms to the molecule?
In Jmol version 14.31.2, the code file provided for human insulin opens in cartoon style. How do I get the same display style as shown in video?
162 visits
Outline:ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਡੇਟਾ ਬੈਂਕ (PDB ) ਵਿਚੋਂ ਪ੍ਰੋਟੀਂਸ ਦਾ ਸਟਰਕਚਰ ਲੋਡ ਕਰਨਾ। ਡੇਟਾਬੇਸ ਵਿਚੋਂ .pdb ਫਾਈਲਾਂ ਡਾਊਨਲੋਡ ਕਰਨਾ। PDB ਕੋਡ (4EX1) ਪ੍ਰਯੋਗ ਕਰਕੇ ਇੰਸੁਲੀਨ ਦਾ 3D ਸਟਰਕਚਰ ਵੇਖਣਾ। ਪਾਣੀ ਦੇ ਮੌਲੀਕਿਊਲਸ ਬਿਨਾ ਸਟਰਕਚਰ ਵੇਖਣਾ। ਸਕੈਂਡਰੀ ਸਟਰਕਚਰ ਦਾ ਡਿਸਪਲੇ ਬਦਲਣਾ। ਹਾਇਡਰੋਜਨ ਬੌਂਡਸ ਅਤੇ ਡਾਈਸਲਫਾਇਡ ਬੌਂਡਸ ਨੂੰ ਹਾਈਲਾਇਟ ਕਰਨਾ।
ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਡੇਟਾ ਬੈਂਕ (PDB ) ਵਿਚੋਂ ਪ੍ਰੋਟੀਂਸ ਦਾ ਸਟਰਕਚਰ ਲੋਡ ਕਰਨਾ। ਡੇਟਾਬੇਸ ਵਿਚੋਂ .pdb ਫਾਈਲਾਂ ਡਾਊਨਲੋਡ ਕਰਨਾ। PDB ਕੋਡ (4EX1) ਪ੍ਰਯੋਗ ਕਰਕੇ ਇੰਸੁਲੀਨ ਦਾ 3D ਸਟਰਕਚਰ ਵੇਖਣਾ। ਪਾਣੀ ਦੇ ਮੌਲੀਕਿਊਲਸ ਬਿਨਾ ਸਟਰਕਚਰ ਵੇਖਣਾ। ਸਕੈਂਡਰੀ ਸਟਰਕਚਰ ਦਾ ਡਿਸਪਲੇ ਬਦਲਣਾ। ਹਾਇਡਰੋਜਨ ਬੌਂਡਸ ਅਤੇ ਡਾਈਸਲਫਾਇਡ ਬੌਂਡਸ ਨੂੰ ਹਾਈਲਾਇਟ ਕਰਨਾ।
Show video info
Pre-requisite