The Tutorials in this series are created using Jmol 12.2.2 Jmol v 14.32.80 on Ubuntu 12.04, Ubuntu Linux OS v 20.04. Jmol is an open-source Java viewer for chemical structures and biomolecules in 3D. It does not require 3D acceleration plugins. 3D models created by using Jmol may be used as a teaching tool or for research in chemistry and biochemistry. It is free and open source software, written in Java, it runs on Windows, Mac OS X, Linux and Unix systems. Read more
Foss : Jmol Application - English
Outline: Load chemical structures from chemical structure database (PubChem). Load structure of Phenol and convert it to Para-amino Phenol. Load structure of cholesterol and highlight the..
Outline: * Download CIF (Crystallographic Information File) from Crystallography Open Database (COD). * Open CIF files in Jmol. * Display unit cell and unit cell parameters on Jmol..
Outline: About conformations of 1,2-dichloroethane. Create a model of anti conformer of 1,2-dichloroethane on the Jmol panel. Add elements of your choice in the modelkit menu. Minimize e..
Outline: Load a model of Lactic acid from the database. Assign the R/S configuration using Cahn-Ingold-Prelog priority rules. Append the model of R-Lactic acid using script command. Sepa..
Outline: Load structures of proteins from Protein Data Bank (PDB). Download .pdb files from the database. View the 3D struct..
Outline: Load structure of Hexokinase using PDB code. Modify the display of secondary structure. Highlight amino acid residues at the active site. Highlight the substrate. Highlight the..
Outline: 1. Draw lines (C2 and C3 rotational axes) through atoms in methane molecule. 2. Spin and rotate the molecule along the axis. 3. Draw reflection plane through atoms in methane mo..
Outline: Jmol animation using script commands. Demonstration of animation using ethane and hemoglobin as examples. Script commands with keywords, move, delay, slab, loop and c..
Outline: Load the model of a chemical structure on the Jmol panel. Use JSpecView tool available on the Jmol interface to simulate the 1H NMR of the chemical structure. Show simulated 13C ..
Outline: About important features of JSmol. About steps to create JSmol integrated web page. Download Jmol binary zip file. Extract Jsmol.zip which is present inside the Jmol binary zip..
Outline: Open the HTML text document using gedit text editor. Edit the HTML page to add 3D models of anti, eclipsed and gauche n-butane. Save the HTML page. About the conformations of ..
Foss : Jmol Application - Gujarati
Outline: Jmol એપ્લિકેશન ની મહત્વ વિશેષતા વિવિધ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈંસ્ટોલેશન વિષે જાણકારી. Jmol એપ્લિકેશન નો ઉપયોગ. Jmol એપ્લિકેશન શ્રેણી માં ઉપલબ્ધ વિડિઓ ટ્યુટોરીઅલસ ની ક..
Outline: જેમોલ એપ્લીકેશનનો થોડાકમાં પરિચય. સોફ્ટવેરની જરૂરીયાતો. પૂર્વજરૂરીયાતો. ઉબુન્ટુ ઓપરેટીંગ સીસ્ટમ પર જેમોલ એપ્લીકેશનને ખોલવું. પ્રોગ્રામ ઇંટરફેસ સમજાવવા (મેનુ બાર, ટૂલ બાર , પોપ..
Outline: મોલેક્યુલર મોડેલમાં ફંક્શનલ જૂથ સહીત hydrogen પરમાણુ સબસ્ટીટ્યુટ કરવું. બોન્ડો ઉમેરવા અને રદ્દ કરવા. અણુઓ ઉમેરવા અને રદ્દ કરવા. પોપ-અપ મેનુ (કોનટેક્ષચ્યુંઅલ મેનુ)
Outline: મોડેલોને રોટેટ, ઝૂમ, મૂવ અને સ્પીન કરવું વ્યુમાં ફેરફાર કરવા ડિસ્પ્લેના સ્ટાઈલને બદલવું. પરમાણુ અને બોન્ડના કલર અને રંગને બદલવું. એકક્ષેસ અને બાઉન્ડ બોક્સ વિવધ ફોર્મે..
Outline: કાર્બોક્સિલિક એસિડના મોડેલો બનાવવા. ઉદાહરણ તરીકે, એસિટિક એસિડ. નાઈટ્રોઆલ્કેનના મોડેલો બનાવવા. ઉદાહરણ તરીકે, Nitroetane. મોડેલમાં અણુઓને ચિન્હ અને ક્રમાંકો સાથે લેબલ કરવા. મો..
Outline: સ્ક્રિપ્ટ કમાન્ડ્સ વિશે. સ્ક્રિપ્ટ કમાન્ડ્સ કેવી રીતે લખવા. સ્ક્રિપ્ટ કન્સોલ કેવી રીતે વાપરવા. સ્ક્રિપ્ટ કમાન્ડ્સનો ઉપયોગ કરીને પ્રોપેનના ડિસ્પ્લે બદલવા અણુઓ અને બોન્ડ ના રંગ બ..
Outline: Alicyclic (એલીસાયક્લિક) પરમાણુઓનાં મોડેલો બનાવવા. ઉદાહરણ: Cyclohexane. Aromatic (એરોમેટીક) પરમાણુઓનાં મોડેલો બનાવવા. ઉદાહરણ: Benzene. પરમાણુઓની વિવિધ સપાટીઓ દર્શાવવી. ઉદાહરણ: M..
Outline: આ રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેસ 'PubChem'. થી અણુ ને લોડ કરે છે. ફીનોલના સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા અને તેને પેરા-અમીનો ફીનોલમાં બદલતા. કોલેસ્ટ્રોલના સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા અને ડબલ-બોન્ડ અને સ..
Outline: ક્રિસ્ટલોગ્રાફી ઓપન ડેટાબેસ થી CIF (Crystallographic Information File) ને ડાઉનલોડ કરવુ. Jmol માં CIF ફાઈલ ખોલવિ. પેનલ પર યુનિટ સેલ પેરામીટરસ પ્રદર્શિત કરવુ. ભિન્ન ક્રિસ્ટલ સ..