The Tutorials in this series are created in UCSF Chimera 1.13 on Ubuntu 14.04. UCSF Chimera is a program for interactive visualization and analysis of molecular structures and related data. Using Chimera, one can generate high-quality images and animations. Chimera was designed with extensibility and programmability in mind. It is largely implemented in Python, with certain features coded in C++ for efficiency. Read more
Foss : UCSF Chimera - English
Outline: About UCSF Chimera Download and installation of UCSF Chimera on Ubuntu Linux OS Chimera interface, Menu bar Uses and Advantages Play video clippings of Chimera available on ou..
Outline: Open a structure on the Chimera window. Download pdb files from PDB database. Move, rotate and zoom the structure. Scale and clip the structure. Change the display using menu..
Outline: Show labels for atoms and residues. Select atoms and residues using Select menu or by Picking. Change the color and display of the residues. Add, delete or change atoms Rotate ..
Outline: Type commands to, Change the display to atoms. Show and hide ribbons. Change the color of the amino acid residues. Label individual residues. Remove solvent molecules. Save t..
Outline: Show surfaces for protein and DNA structures. Create images of protein surface colored by : (i) Amino acid hydrophobicity (ii) Electrostatic Potential Create high qual..
Outline: Create structures of small molecules, peptides and DNA fragments. Modify structure (add and delete atoms). Minimize energy. Join models.
Outline: Measure distance between atoms in the structure. Show hydrogen bonds. Identify non-polar interactions. Rotate bonds in the residues to get different rotamers.
Outline: Superimpose and compare different structures of the same protein. Morph conformations and create a trajectory.
Outline: Change attributes of atoms, residues and models. Color atoms in a protein according to B-factor values. Color residues according to kdHydrophobicity values.
Outline: Adjust background lighting and effects. Create scenes for animation. Place scenes along a timeline. Record a movie of the resulting animation.
Outline: Show Axes, Planes and Centroids for structure of Green Fluorescent Protein. Show 2D-Labels. Draw Arrows. Clip a model of Myoglobin using Per-Model clipping tool.
Foss : UCSF Chimera - Gujarati
Outline: કાઇમેરા વિન્ડો ઉપર એક સ્ટ્રક્ચર ખોલવું. PDB ડેટાબેઝમાંથી pdb ફાઇલ્સ ડાઉનલોડ કરવી. સ્ટ્રકચરને મુવ, રોટેટ અને ઝૂમ કરવું. સ્ટ્રકચરને સ્કેલ અને કલીપ કરવી. મેનુ બારમાંના મેનુઝનો ઉ..
Outline: એટમ્સ અને રેસિડયુઝના લેબલ્સ બતાવવા. એટમ્સ અને રેસિડ્યુઝને સિલેક્ટ મેનુ દ્વારા અથવા પિકિંગ દ્વારા સિલેક્ટ કરવા. રેસિડ્યુઝના રંગ અને દેખાવ બદલવા. એટમ્સને ઉમેરવા, કાઢી નાખવા અથવા..
Outline: ડિસ્પ્લેને એટમ્સમાં બદલવા કમાન્ડ ટાઈપ કરવા. રીબન્સને દેખાડવા અથવા અદૃશ્ય કરવા. અમીનો એસિડ રેસિડ્યુઝના રંગ બદલવા. પ્રત્યેક રેસિડયુઝના લેબલ આપવા. સોલ્વન્ટ મોલેક્યુલ્સને દૂર કરવ..
Outline: પ્રોટીન અને DNA માટેના સરફેસિસ બતાવવા. પ્રોટીન સરફેસ માટેની ઈમેજીસ બનાવો જે (i) Amino acid hydrophobicity, (ii) Electrostatic Potential થી રંગીત થયેલ હોય. વિભિન્ન વ્યૂઇંગ..
Outline: નાના મોલેક્યુલ્સના સ્ટ્રક્ચર્સ બનાવવા,પેપ્ટાઈડ્સ અને DNA ફ્રેગમેન્ટ્સ. સ્ટ્રક્ચરને બદલવું (એટમ્સ ઉમેરવા અને કાઢી નાખવા). એનર્જીને મિનિમાઈઝ(ન્યુનત્તમ) કરવી. મોડેલ્સને જોડવા.
Outline: સ્ટ્રક્ચરમાં એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર માપવું. હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને બતાવવા. નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સને ઓળખવા. જુદા જુદા રોટેમર્સ મેળવવા રેસિડયુઝમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા.
Outline: '''Superimpose''' અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવવું. '''conformations'''ને મોર્ફ કરવાનું અને એક '''trajectory''' બનાવવી.
Outline: એટમ્સ, રેસિડ્યુઝ અને મોડલ્સના '''attributes''' બદલવા. '''B-factor''' મૂલ્યોને આધારે પ્રોટીનમાં એટમ્સને રંગ આપવા. '''kdhydrophobicity''' મૂલ્યોને આધારે રેસિડયુઝને રંગ આપવા.
Outline: '''background lighting''' અને '''effects'''ને વ્યવસ્થિત કરવી. એનિમેશન માટે દ્રશ્યો બનાવવા. '''Timeline''' સાથે દૃશ્યોને સ્થાપિત કરવા. પરિણામરૂપે મળતા એનિમેશનનું ફિલ્મ બનાવો.