The Tutorials in this series are created using Jmol 12.2.2 Jmol v 14.32.80 on Ubuntu 12.04, Ubuntu Linux OS v 20.04. Jmol is an open-source Java viewer for chemical structures and biomolecules in 3D. It does not require 3D acceleration plugins. 3D models created by using Jmol may be used as a teaching tool or for research in chemistry and biochemistry. It is free and open source software, written in Java, it runs on Windows, Mac OS X, Linux and Unix systems. Read more
Foss : Jmol Application - Kannada
Outline: ‘ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಕಮಾಂಡ್’ಗಳು ‘ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಕಮಾಂಡ್’ಗಳನ್ನು ಹೇಗೆ ಬರೆಯುವುದು ‘ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಕಾನ್ಸೋಲ್’ಅನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸುವುದು ‘ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಕಮಾಂಡ್’ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ‘ಪ್ರೊಪೇನ್’ನ ಡಿಸ್ಪ್ಲೇಯನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವುದು ..
Outline: ಅಲಿಸೈಕ್ಲಿಕ್ ಅಣುಗಳ 'ಮಾಡೆಲ್'ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಿ. ಉದಾ: ‘ಸೈಕ್ಲೋಹೆಕ್ಸೇನ್’ ಆರೋಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಅಣುಗಳ 'ಮಾಡೆಲ್'ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಿ. ಉದಾ: ಬೆಂಜೀನ್ ಅಣುಗಳ 'ಸರ್ಫೇಸ್ ಟೊಪಾಲಜಿ'ಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿ. ಉದಾ: ಮೊಲೆಕ್ಯೂಲರ್ ಸರ್ಫೇ..
Outline: 'ಕೆಮಿಕಲ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್'ಗಳನ್ನು 'ಕೆಮಿಕಲ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್'ನಿಂದ (PubChem) ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು Phenol ನ 'ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್'ಅನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು ಮತ್ತು ಅದನ್ನು Para-amino Phenol ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸುವುದು 'ಕ..
Outline: * ಕ್ರಿಸ್ಟಲೋಗ್ರಫಿ ಓಪನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (COD) ನಿಂದ CIF ಅನ್ನು (ಕ್ರಿಸ್ಟಲೋಗ್ರಫಿಕ್ ಇನ್ಫರ್ಮೇಶನ್ ಫೈಲ್) ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು * 'ಜೆ-ಮೊಲ್'ನಲ್ಲಿ 'CIF ಫೈಲ್'ಗಳನ್ನು ಓಪನ್ ಮಾಡುವುದು * 'ಜೆ-ಮೊಲ್ ಪ್ಯಾನೆಲ್'ನ ಮ..
Outline: 'ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾ ಬ್ಯಾಂಕ್'ನಿಂದ (PDB) 'ಪ್ರೋಟೀನ್'ಗಳ 'ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್'ಗಳನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು 'ಡೇಟಾಬೇಸ್'ನಿಂದ '.pdb ಫೈಲ್'ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು PDB ಕೋಡನ್ನು (4EX1) ಬಳಸಿ 'ಇನ್ಸುಲಿನ್'ನ '3D ಸ್ಟ್ರಕ..
Outline: PDB ಕೋಡನ್ನು ಬಳಸಿ ‘ಹೆಕ್ಸೋಕೈನೇಸ್’ನ ‘ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್’ಅನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು ‘ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್’ನ ಡಿಸ್ಪ್ಲೇಯನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವುದು ‘ಅಮಿನೋ ಆಸಿಡ್ ರೆಸಿಡ್ಯೂ’ಗಳನ್ನು 'ಆಕ್ಟಿವ್ ಸೈಟ್'ನಲ್ಲಿ ಹೈಲೈಟ್ ಮಾಡುವು..
Outline: 1. ಮಿಥೇನ್ ಅಣುವಿನಲ್ಲಿ ಪರಮಾಣುಗಳ ಮೂಲಕ ಗೆರೆಗಳನ್ನು (C2 ಹಾಗೂ C3 ರೊಟೇಶನಲ್ ಆಕ್ಸಿಸ್) ಎಳೆಯುವುದು 2. 'ಆಕ್ಸಿಸ್'ನೊಂದಿಗೆ ಅಣುವನ್ನು ಸ್ಪಿನ್ ಮಾಡುವುದು ಮತ್ತು ತಿರುಗಿಸುವುದು 3. ಮಿಥೇನ್ ಅಣುವಿನಲ್ಲಿ ಪರಮಾ..
Outline: ‘ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಕಮಾಂಡ್’ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಜೆ-ಮೊಲ್ ಅನಿಮೇಶನ್ ಮಾಡುವುದು ಇಥೇನ್ ಮತ್ತು ‘ಹಿಮೋಗ್ಲೋಬಿನ್’ಗಳನ್ನು ಉದಾಹರಣೆಗೆಂದು ಬಳಸಿ ‘ಅನಿಮೇಶನ್’ಅನ್ನು ಮಾಡಿತೋರಿಸುವುದು move, delay, slab, loop ಹಾಗೂ capture ಈ..
Foss : Jmol Application - Khasi
Outline: • Ka jingbatai lyngkot shaphang ka Jmol Application • Ka Software ba donkam. • Ki jingdonkam lypa • Plie ïaka Jmol Application haka Ubuntu/ Linux system • Batai Bniah ïa u pro..
Outline: • Buh bujli ïa u hydrogen ha u molecular model da u functional group. • Thep bad weng ïaki bond. • Thep bad Weng ïaki atom • Ka Pop-up-menu (Contextual menu)
Outline: • Rotate, zoom, pynkynriah bad pynshad ïa ka model. • Pynpher ïaka view • Pynkylla ïaka style jong ka display • Pynkylla ïaka size bad rong jong ki atom bad ki bond • Ki Axes b..
Outline: • Shna u model jong ka Carboxylic acid. Ka Nuksa, Acetic acid. • Shna u model jong u Nitroalkane. Ka Nuksa, Nitroetane. • Label ïaki atoms ha u model daki symbol jong u element...
Outline: • Shaphang ki Script Commands. • Kumno ban thoh ki Script commands. • Kumno ban pyndonkam ka Script console. • Pynkylla ïaka display jong u propane dakaba pyndonkam ki script co..
Outline: • Shna kimodels jong ki alicyclic molecules. Nuksa: Cyclohexane. • Shna ki models jong ki aromatic molecules. Nuksa: Benzene. • Display Surface topology jong ki molecules. Nuksa..
Outline: • Load ki chemical structures naka chemical structure database (PubChem). • Load ki structure jong u Phenol bad pynkylla ïa u sha u Para-amino Phenol. • Load ki structure jong u..
Outline: • Download ki CIF (Crystallographic Information File) naka Crystallography Open Database (COD). • Plie ïaki CIF files haka Jmol. • Display ki unit cell bad unit cell parameters ..
Outline: • Load ki structures jong ki proteins naka Protein Data Bank (PDB). • Download ki .pdb files naka database. • Peit ïaka 3D structure jong u Insulin pyndonkam u PDB code (4EX1). ..
Outline: • Load ki structure jong u Hexokinase pyndonkam u PDB code. • Pynpher ïaka display jong u secondary structure. • Highlight ïaki amino acid residues haka active site. • Highligh..
Outline: • Dro ki laiñ (C2 bad C3 rotational axes) lyngba ki atoms ha u methane molecule. • Spin bad rotate ïa u molecule ha shilynter u axis. • Draw ka reflection plane lyngba ki atoms ..
Outline: Jmol animation pyndonkam ki script commands. ka jingpyni nuksa ia ki animation pyndonkam u ethane bad hemoglobin. Ki Script commands ryngkat ki keywords, move, delay, slab, l..