The tutorials in this series are created using Biopython version1.58 on Ubuntu 12.04 and Ubuntu 14.04. Biopython is a collection of Python tools for computational biology and bioinformatics. Biopython contains modules and classes to represent protein sequences, nucleic acid sequences and sequence annotations. Biopython tools can perform common operations such as transcription, translation, obtain complements, reverse complements, parsing, running BLAST etc. We can use Biopython modules to access online databases such as NCBI. Biopython modules can also be used for sequence alignment, phylogenetics, sequence motifs, protein structure etc. Read more
Foss : Biopython - English
Outline: Download FASTA and GenBank files from NCBI database website. Parse data files using functions in Bio.SeqIO module. Use parse function (Bio.SeqIO. Parse()) to extract information ..
Outline: Create Sequence Record Objects. Write sequence files using write function of Sequence Input/Output module( Bio.SeqIO. write()). Convert between file formats. Sort records in a f..
Outline: Run BLAST for the query sequence over internet through NCBI BLAST service. Use qblast function in NCBIWWW module to run blast for a nucleotide sequence. Save the output xml file ..
Foss : Biopython - Gujarati
Outline: '''Biopython''' ના મહત્વ ના ફીચરો. લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્ટોલેશન વિશેની માહિતી. આપેલ '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડમાટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવું. '''mRNA''' માં DNA ..
Outline: 1. અવ્યવસ્થિત DNA સિકવેન્સ નિર્માણ કરવું. 2. વિશિષ્ટ જગ્યા એ DNA સિકવેન્સને કાપવું. 3. નવી સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને જોડો. (Concatenate). 4. સિકવેન્સની લંબાઈ શોધ..
Outline: આઉટલાઈન: NCBI ડેટાબેઝ વેબસાઈટ પરથી FASTA અને GenBank ફાઈલો ડાઉનલોડ કરો. ફંકશન્સ in Bio.SeqIO મોડ્યૂલ માં ફંકશન્સ નો ઉપયોગ કરીને ડેટા ફાઈલ પાર્સ કરવું. માહિતી એક્સટ્રેક્ટ ક..
Outline: '''Sequence Record Objects''' બનાવવું. '''Sequence Input/Output''' મોડ્યુલના '''write''' ફંક્શન નો ઉપયોગ કરીને સિકવેન્સ ફાઈલ લખવી. '''file formats''' દરમ્યાન રૂપાંતર કરવું. લં..
Outline: '''NCBI BLAST''' સર્વિસ નો ઉપયોગ કરીને ઇન્ટરનેટપર કેવરી સિકવેન્સ બ્લાસ્ટ રન કરવું. '''NCBIWWW ''' મોડ્યુલમાં '''qblast function''' ને ઉપયોગ કરીને nucleotide sequence માટે બ્લાસ્ટ..
Foss : Biopython - Hindi
Outline: Biopython की मुख्य विशेषताएं लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम पर डाउनलोड और संस्थापन से सम्बंधित जानकारी दिए हुए DNA स्ट्रैंड के लिए सीक्वेंस ऑब्जेक्ट बनाना DNA सीक्वेंस का mRNA पर ट्र..
Outline: 1. रैंडम DNA सीक्वेंस बनाना 2. उल्लिखित स्थानों पर DNA सीक्वेंस स्लाइस करना 3. दो सीक्वेंसेस को एकसाथ जोड़कर एक नयी सीक्वेंस बनाना (श्रेणीबद्ध करना) 4. सीक्वेंस की लम्ब..
Outline: NCBI डेटाबेस वेबसाइट से FASTA और GenBank फाइल्स डाउनलोड करना Bio.SeqIO मोड्यूल में फंक्शन्स उपयोग करके डेटा फाइल्स पार्स करना पार्स फंक्शन (Bio.SeqIO. Parse()) उपयोग करके जानक..
Outline: सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट्स बनाना सीक्वेंस Input/Output मोड्यूल ( Bio.SeqIO. write()) का राइट फंक्शन उपयोग करके सीक्वेंस फाइल्स को लिखना फाइल फोर्मट्स के बीच बदलना लम्बाई से..
Outline: NCBI BLAST सर्विस से इन्टरनेट पर क्वेरी सीक्वेंस के लिए BLAST रन करना न्यूक्लोटाइड सीक्वेंस के लिए ब्लास्ट रन करे के लिए NCBIWWW मोड्यूल में qblast फंक्शन उपयोग करना आउटपुट ..
Foss : Biopython - Kannada
Outline: ಬಯೋಪೈಥನ್ ನ ಪ್ರಮುಖ ಲಕ್ಷಣಗಳು Linux ಆಪರೇಟಿಂಗ್ ಸಿಸ್ಟಂನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮತ್ತು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡುವ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿ ಕೊಟ್ಟಿರುವ ‘DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್’ಗಾಗಿ ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು DNA ..
Outline: 1. ಯಾವುದೋ ಒಂದು 'DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್'ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು 2. 'DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್'ಅನ್ನು ನಿಗದಿತ ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ಲೈಸ್ ಮಾಡುವುದು 3. ಎರಡು 'ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್'ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಿ ಒಂದು ಹೊಸ 'ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್'ಅನ್ನು ತಯಾರಿಸುವುದ..
Outline: * FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು NCBI ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು * Bio.SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡುವದು * ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ id, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ..
Outline: 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್'ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಿ. 'ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್'ನ ( Bio.SeqIO. write()) '''write''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಬರೆಯಿರಿ. 'ಫ..
Outline: 'ಕ್ವೆರಿ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್' ಗಾಗಿ, NCBI BLAST ಸರ್ವೀಸ್ ಮೂಲಕ ಇಂಟರ್ನೆಟ್ ನ ಮೇಲೆ BLAST ಅನ್ನು ರನ್ ಮಾಡುವುದು 'ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್' ಗಾಗಿ blast ಅನ್ನು ರನ್ ಮಾಡಲು, NCBIWWW ಮೊಡ್ಯೂಲ್ ನಲ್ಲಿ qblast ಫ..
Foss : Biopython - Khasi
Outline: Ki jinglong ba kongsan jong ka Biopython. Ki thup jingtip shaphang ban download bad ban install haka Linux Operating System. Shna iaka sequence object naka bynta ka DNA strand ba..
Outline: 1. Pynmih iaka DNA sequence kaba khlem thmu. 2. Slice iaka DNA sequence haki jaka kiba la bthah. 3. Pynsyndait lang iaki ar tylli ki sequence ban pynlong ka sequence kaba..